Le musée est situé dans le complexe monumental conçu par Filippo Brunelleschi, siège de l'Istituto degli Innocenti dont fait partie le musée. Créé pour exposer les œuvres d'art de l'ancienne Spedale, un grand centre d'accueil pour enfants, le Musée a été transformé en un parcours qui permet de découvrir un patrimoine culturel unique au monde car profondément lié à l'activité exercée. en faveur des enfants qui n'ont pas pu être élevés par leur famille d'origine.